דף הבית אודות הישיבה מוסדות הישיבה רבני הישיבה בעבר אלבום תמונות צור קשר
רשימת תפוצה
שם
דוא"ל

  ישיבת "מרכז הרב"

אודות הישיבה

ישיבת מרכז הרב, "אם הישיבות הציוניות", היא הישיבה הגבוהה הציונית הראשונה ומהווה "ספינת דגל" עבור הציבור הדתי לאומי. בישיבה לומדים מאות תלמידים ואלפים מבוגריה מעורים בחיים הציבוריים כרבנים, דיינים, מחנכים, קציני צבא, אנשי אקדמיה ואנשי מעשה. עשרות ישיבות, מוסדות חינוך, ישובים ומפעלים חינוכיים הוקמו על ידי הבוגרים במהלך השנים וממשיכים לקום מדי שנה. ההשפעה הרחבה של בוגרי הישיבה לדורותיהם על הציבור הדתי לאומי ועל הציבוריות הישראלית בכלל, הפכה את הישיבה להיות תנועה דתית לאומית רחבה המגשימה את חזונו של מייסדה - הרב אברהם יצחק הכהן קוק זצ"ל.

 כיום, ישיבת "מרכז הרב" הינה אחד ממרכזי התורה הגדולים בארץ. הישיבה ממוקמת בשכונת "קרית משה" בירושלים ושלוחתה בבית מדרש "נחמת רחל" שבקבר רחל. סגל ההוראה של הישיבה מונה למעלה מעשרים ר"מים ורבנים, שכולם בוגריה. בישיבה פועל גם מכון הלכה ברורה בו לומדים כשלושים רבנים העוסקים בבירור הלכה והוצאה לאור של כתבי הראי"ה קוק וכן מכון הרצי"ה העוסק בהוצאה לאור של הכתבים המחשבתיים של הראי"ה קוק ובנו הרצי"ה קוק.

 ייסודה

ישיבת "מרכז הרב" נוסדה על-ידי הרב אברהם יצחק הכהן קוק (הראי"ה), שהיה רבה הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל, בקיץ  ה'תרפ"ג (1923). חלום הקמת ישיבה בירושלים ליוה את הרב כבר בהיותו צעיר לימים. גם כשכיהן כרבן של יפו והמושבות (תרס"ד - תרע"ד, 1904 - 1914) , שם החל חלום הקמת ישיבה לקרום עור וגידים, שאף לעלות ירושלימה. לאחר מלחמת העולם הראשונה, בשנת ה'תרע"ט (1919) נתמנה להיות רבה של ירושלים ולאחר מכן נבחר לכהן כרבה הראשי האשכנזי הראשון של ארץ ישראל (ה'תרס"ד - ה'תרצ"ה, 1904 - 1935). במסגרת תפקידו ביקש להקים תנועה בשם "דגל ירושלים" אשר אחת ממשימותיה העיקריות היו הקמת ישיבה שתשמש מוקד לדיונים הלכתיים ורעיוניים. הישיבה בחזונו של הרב היתה יעד לאומי ממדרגה ראשונה.

ניצנים ראשונים של הקמת הישיבה החלו בחוג מצומצם של מספר תלמידי ישיבות ירושלמיות שהתכנסו יחדיו כדי לשמוע שיעורים בהלכה ואגדה מפיו של הראי"ה קוק. כבר בתחילת דרכה של הישיבה, ידע הרב שלא תהיה זו ישיבה ככל הישיבות ושירטט שלוש מטרות עיקריות, אשר המשותף לכולן הוא "חיים של יצירה":

א.      הכשרת תלמידי חכמים צעירים שיוכלו להיות כוחות רוחניים משמעותיים ולהשפיע על מהלך חייו של עם ישראל בארץ ישראל.

ב.      פיתוח יצירות תורניות שתשלבנה במהלכן הדידאקטי את המימד העיוני עם המימד השיטתי בסידור הרצאת הדברים.

ג.       מרכז הרב יהווה הכנה ליסוד ה"ישיבה המרכזית העולמית" שתשפיע על "חידוש החיים הרוחניים שלנו... ועל כל חיינו הלאומיים ההולכים כעת להתחדש על אדמת הקודש".

תוכנית הלימודים ומגמות החינוך בישיבה נכתבו לראשונה באחד מערבי חנוכה בשנת ה'תרפ"ב (1922) על-ידי הרב דוד כהן ("הנזיר"), תלמידו המובהק ומקורבו של הרב, על פי בקשתץ רבו. תוכנית זו היתה מקיפה מאד והיוותה חידוש נועז ומרחיק לכת בעולם הישיבות של היישוב הישן. חדשנות זו מתבטאת הן בהיקף הידיעות שנדרשו מתלמידי הישיבה בתחומי הנגלה (תלמוד, משפט) והנסתר(לימוד קבלה) והן בתכני הלימוד עצמם שכללו לימוד תנ"ך, התמודדות עם בקורת המקרא והעמקה במחשבת ישראל לדורותיה.

 כראש ישיבה, לצד הראי"ה, התמנה הרב אברהם אהרן בורשטין, הגאון מטבריג, שעלה לארץ בשנת ה'תרפ"ד (1924). לשיעוריו הגיעו רבים מתלמידי החכמים שבירושלים, גם כאלה שלא היו קשורים לישיבה. הגאון מטבריג נפטר כעבור שנתיים, בשנת ה'תרפ"ו (1926). בתקופה זו היו מגעים להזמנתו של הגאון רבי שמעון שקופ לשמש כאחד מצוות ההוראה בישיבה, אך לבסוף לא יצא הדבר לפועל.כמו כן מצוי מכתב, שבו ביקש הרב יחזקאל אברמסקי זצ"ל, בהיותו בלונדון, לשמש כר"מ בישיבה.

גיוס תלמידים לישיבה נעשה על-ידי תעמולה פומבית של הישיבה באמצעות כרוזים, חוברות ושיחות אישיות שהותאמו להליכי הנפש של בני הדור, המלצות הראי"ה קוק לקבלת אשרות כניסה לארץ ישראל מממשלת המנדט והשפעתו הכאריזמאטית של הראי"ה קוק. הרקע התורני והביוגראפי של התלמידים היה במקרים מסויימים שונה מאד. חלק מהתלמידים היו בוגרי ישיבות מפורסמות ברוסיה, פולין וארצות אחרות והגיעו לישיבה מלאים במטען תורני רב היקף, אולם חלק מהתלמידים הגיע כשהם בעלי רקע בסיסי בלבד.

יחסו החיובי של הראי"ה קוק לישוב ארץ ישראל, השקפתו הלאומית-דתית ויחסי הקירבה שרחש לציבור החילוני, השפיעו במידה רבה על חלק מבני הישיבה להשתתף בפעילות אקטיבית בארגון ה"הגנה" וארגוני המחתרות, ואחדים הפכו להיות דמויות מפתח בהתארגנויות אלו (המפורסם ביניהם הוא דוד רזיאל הי"ד, מפקד האצ"ל). התגייסות משמעותית חלה בעקבות מאורעות ה'תרפ"ט (1929).

במסגרת הפעילות הלאומית שעל ברכיה חונכו תלמידי הישיבה, הוקמה תנועת הנוער "בני-עקיבא" על-ידי אחד מתלמידי הישיבה.

בראש חודש חשון ה'תר"צ (1929) ייסד הרב מכינה לישיבת "מרכז הרב". המכינה נועדה להכשיר תלמידים בגיל 14-18 ללמוד בישיבה הגדולה, ונקראה "ישיבת תורת ירושלים". מכינה זו שימשה גרעין חשוב לגילגולה המאוחר יותר בדמות "ישיבת ירושלים לצעירים", שהוקמה לימים ליד ה"ישיבה המרכזית".

בשנת ה'תרצ"ג הקים הרב את מכון "הרי פישל לדרישת התלמוד" כדי לתת מענה לצורת הביקורת המדעית של האוניברסיטה העברית על-ידי לימוד מדעי ביקורתי הנעשה מתוך כבוד וקדושה.

ב-ג' באלול ה'תרצ"ה הסתיים פרק רב דפים בדפיה של הישיבה ובספר ישראל עם הילקח הרב קוק לגנזי מרומים. צער עמוק ליוה את תלמידי הישיבה, אך יחד עמו תחושת שליחות ורצון לממש את החזון הגדול שטווה הראי"ה קוק.

הישיבה בימי הרב יעקב משה חרל"פ

הרב יעקב משה חרל"פ, רבה של שכונת "שערי חסד" בירושלים ו"איש ברית קדשו" של הרב, ששימש כראש הישיבה עוד בתקופת חייו של הראי"ה קוק, המשיך בתפקידו זה גם לאחר מותו של הרב. מצבו הבריאותי המעורער של הרב חרל"פ הוסיף קושי על המצב הכללי הירוד של הישיבה בתקופה זו, שהיתה קשה ליישוב היהודי כולו, בשל התנכלות הערבים והשפל הכלכלי.

בשנת ה'תש"ג (1943) הגיע לישיבה קבוצת בני קיבוצים ובוגרי בית הספר החקלאי "מקוה ישראל" שהרגישו כי מצבם הרוחני זקוק לחיזוק והעמקה. עבורם אורגנו שיעורים מיוחדים הכוללים לימוד מעשי של הלכות התלויות בארץ. בני הקיבוצים זכורים לטובה בתולדות הישיבה, בהיותם כח צעיר ודינאמי, ספוג רוח חלוצית. בשנת ה'תש"ה (1946), בעקבות בקשתו של הרצי"ה, הצטרף הרב אברהם שפירא, שלימים שימש כראש הישיבה ורב ראשי לארץ ישראל, לצוות הישיבה. בשנת ה'תש"ח, בפרוץ מלחמת העצמאות, גוייסו רבים מבני הישיבה ושרתו במסגרת ה"הגנה". רבים מבני הישיבה לא שבו אליה לאחר המלחמה וכך ירדה קרנה של הישיבה ירידה נוספת.

ב-ה' באייר ה'תש"ח (1948) קמה מדינת ישראל. שמונה שנים קודם לכן, הקים הרב משה צבי נריה, בוגר הישיבה את הישיבה התיכונית בכפר הרא"ה - הראשונה מבין "ישיבות בני עקיבא". כשנה לאחר קום המדינה, יצא גרעין תלמידים בוגרי ישיבת כפר הראה והקים ישיבה גבוהה חדשה בשם "משכן ישראל". המלחמה על תדמיתה של המדינה בראשית ימיה הציבה את העמקת הזהות בראש סולם העדיפויות. הרב יעקב כלאב, לשעבר תלמיד במכון "הרי פישל לדרישת התלמוד" ומגיד השיעור הגבוה בישיבת "בני עקיבא", הקים ישיבה גבוהה חדשה - ישיבת "משכן ישראל". עקב מצוקה כלכלית וארגונית החליטו בני הישיבה החדשה יחד עם מנהליה לחבור לישיבה הוותיקה "הישיבה המרכזית". מהלך זה הזרים דם צעיר וקבע סדרים חדשים  בישיבה.

בז' בכסליו ה'תשי"ב (1952) נפטר הרב יעקב משה חרל"פ. מעט לפני כן, אחר שחלה הרב חרל"פ במחלתו האחרונה, החל הרב אברהם שפירא להעביר שיעורים כלליים בישיבה.

הישיבה בימי הרב צבי יהודה קוק

עם פטירת הרב חרל"פ החל הרב צבי יהודה , בנו של הראי"ה קוק לכהן כראש הישיבה. כשנתיים לאחר תחילת כהונתו, הגיעו לישיבה חברי גחל"ת (גרעין חלוצי לומד תורה), בני שבט "איתנים" של בני עקיבא. הם תרמו תרומה מכרעת לשיקום מעמדה הציבורי של משנת הרב והישיבה. צעירים אלו היו חדורי חזון וארצישראליות והיתה להם השפעה רבה בסניפים. הם ראו ברצי"ה קוק את מורם ורבם ובכך הפכוהו לדמות דומיננטית יותר בצוות ההוראה ובקרב בני הנוער של הציונות הדתית בכלל. בשנת ה'תשי"ט (1959) פנה הרב צבי יהודה אל הרב שאול ישראלי וביקשו כי ישא שיעור כללי בישיבה, בנוסף לשיעור הכללי שנשא באותה העת הרב אברהם שפירא. על אף עיסוקיו הרבים ולאחר ששימש תקופה ארוכה כרבו של מושב כפר הראה בעמק חפר, הסכים הרב ישראלי לקבל אחריות זו ונשא בה עד סוף ימיו.

ב-ה' באלול ה'תש"ך (1960) הונחה אבן הפינה לבניינה החדש של הישיבה ובחודש אלול ה'תשכ"ד (1964) החלה ה"ישיבה המרכזית" את לימודיה במבנה החדש בשכונת קרית משה בירושלים. הישיבה הכפילה את מספר תלמידיה והגיעה לכמאתיים תלמידים. מערך השיעורים התרחב וכלל שיעורים של הרצי"ה בענייני אמונה, שיעורים של הרב דוד כהן ("הנזיר") בספר "אורות הקודש", שיעור תלמודי מפי הרב מרדכי פרום, שיעור כללי מפי הרב אברהם שפירא וכן מפי הרב שאול ישראלי, שיעור בתנ"ך מפי הרב יהושע בכרך ושיעור בענייני מוסר מפי הרב נתן רענן, ששימש כמנהל הישיבה. שיעוריו של הרצי"ה התפרסו על פני קשת רחבה של נושאים, אך בשיעורי פרשת השבוע שקיים בכל מוצאי שבת, נתגלה כוחו בכל תוקפו. מטרת השיעור היתה לראות את המגמה הכוללת המסתמנת לאורך פרשיות התורה ובתוך הדברים היה הרב מתרכז ברעיונות מרכזיים שהיוו לדעתו עקרונות יסוד בגיבוש עולמו של תלמיד הישיבה. מרכיב משמעותי בתהליך ההשפעה החינוכית של הרב צבי יהודה קוק היתה הדוגמא האישית. יעידו על כך הספרים הרבים ודברי הזיכרון אודותיו, המדגישים את הפן האישי, החווייתי.

בתקופה זו היתה מעורבות רבה של תלמידי הישיבה בחיי המדינה וסוגיות שונות שעמד על סדר היום הציבורי. באותה השנה -שנת ה'תשכ"ד (1964) - השתתפו למעלה ממאה בחורים מהישיבה בהפגנה כנגד המסיון ברחוב הנביאים בירושלים. בעקבות פעילות זו, שעוררה הד רב ומערכת מחאה במדינות שונות בחוץ לארץ, נעצרו חלק מבחורי הישיבה. כעבור שלוש שנים התקיימה הפגנה נוספת כנגד קונצרט מוסיקה נוצרית בו נוגנו יצירות נוצריות שעובדו על-ידי ואגנר, שהיה מלחין אנטישמי מובהק. בחורי הישיבה נכנסו לקונצרט והחלו לשיר שירים שונים. בכל מספר דקות קמה קבוצה אחרת והוצאה מהאולם. 39 בחורים מהישיבה נעצרו. אף מחאה זו עוררה דיון ציבורי סוער, שבעקבותיו שלחו בני הישיבה מכתב הבהרה למערכות העיתונים, בו נאמר כי קונצרט מסוג זה מהווה יריקה על זיכרון מיליוני קדושי עמנו שנהרגו על יסודי התכנים המובעים בקונצרט. בתקופה זו נוצר קשר בין הישיבה לקיבוץ צרעה, הסמוך לעיר בית שמש. קשר זה הביא בני קיבוצים שונים וצעירים מחפשי דרך ליצור קשר עם הישיבה.

ביום העצמאות, ה' באייר תשכ"ז (1967), כשלושה שבועות לפני פרוץ מלחמת ששת הימים נשא ראש הישיבה הרב צבי יהודה הכהן קוק בפני תלמידי הישיבה דרשה, אשר לדורות תזכר בקרב תלמידי הישיבה כחזון של רוח הקדש בו חזה את העתיד לקרות בעוד כשלושה שבועות. ביום זה נתקיימה בישיבה סעודת מצווה לכבוד ציון י"ט שנים לתקומת המדינה. בדרשתו הזכיר את התחושות שליווהו אור לי"ז בכסלו ה'תש"ח (ליל  הכ"ט בנובמבר 1947), היום בו החליטה עצרת האומות המאוחדות (האו"ם) על סיום המנדט הבריטי בארץ ישראל, ועל הקמת שתי מדינות עצמאיות בארץ ישראל – מדינה יהודית ומדינה ערבית (תוכנית החלוקה) וכך אמר:

"לפני י"ט שנה, באותו לילה מפורסם, בהגיע ארצה החלטתם החיובית של מושלי אומות-העולם לתקומת מדינת ישראל, כשכל העם נהר לחוצות לחוג ברבים את רגשי שמחתו לא יכולתי לצאת ולהצטרף לשמחה. ישבתי בדד ואדום כי נטל עלי. באותן שעות ראשונות לא יכולתי להשלים עם הנעשה, עם אותה בשורה נוראה, כי אכן נתקיים דבר ד' בנבואה בתרי עשר - "ואת ארצי חילקו"! איפה חברון שלנו - אנחנו שוכחים את זה?! ואיפה שכם שלנו - אנחנו שוכחים את זה?! ואיפה יריחו שלנו - אנחנו שוכחים את זה?! ואיפה עבר הירדן שלנו?! איפה כל רגב ורגב? כל חלק וחלק, של ארבע אמות של ארץ ד'?! הבידינו לוותר על איזה מילימטר מהן? חלילה וחס ושלום!".

שלושה שבועות לאחר מכן, פרצה "מלחמת ששת הימים".  שחרור שטחי יהודה, שומרון וחבל עזה במלחמה זו, ובמיוחד המלחמה על ירושלים ושחרור העיר העתיקה שיוו משמעות אקטואלית לציפיה המשיחית שהדהדה בין כתלי בית המדרש של הישיבה. יורם זמוש תלמיד הישיבה, שנמנה עם לוחמי הצנחנים שהגיעו אל רחבת הכותל המערבי, עלה על נדבכו העליון של הכותל והניף מעליו את דגל המדינה. כהוקרה על מעשהו ניתנה לו, על-ידי מפקד הגדוד, האפשרות להביא אל הכותל המערבי את ראשי הישיבה - הרב צבי יהודה קוק והרב דוד כהן ("הנזיר"). מיד לאחר "מלחמת ששת הימים" נפגשה קבוצת אברכים מהישיבה עם מנהיגי הציבור הדתי לאומי וקראו בשם רבם, שלא למסור שום חלק מאדמת ארץ ישראל לערבים. במהלך הפגישה הביעו תלמידי הישיבה את שאיפתם להקמת ישובים בכל חלקי ארץ ישראל. פגישה זו ופגישות נוספות שבאו לאחריה, היוו את הבסיס להקמת תנועת ההתיישבות של "גוש אמונים".

תחושת הגאולה ואוירת האופוריה שאפיינו חלקים רחבים בציבור הישראלי לאחר מלחמת ששת הימים נגוזו במידה רבה בשלהי שנת ה'תשל"ד (1974),  לאחר חווייתה הטראומטית של מלחמת יום הכיפורים. דווקא תחושת המשבר הפיחה רוח חדשה בקרב בני הישיבה אשר בקשו להפוך את נקודת השבר לאבן נוספת בבנין גאולת ישראל. ב-ט"ו בשבט ה'תשל"ד (1974) נתכנסו מספר בחורים מתוך רצון ליצור תנועת התעוררות להגשמת חזון ההתישבות הציונית. ב-ט"ו סיון של שנה זו החלה פעילות הגוף החדש הנקרא "גוש אמונים" לפעול בצורה אקטיבית. גרעין "אלון-מורה" פתח בנסיון התיישבות ראשון, דרומית לשכם. שמונה נסיונות עשו אנשי הגרעין כדי ליצור עובדות קיימות בשומרון. בסופו של דבר אושרה להם שהייה זמנית במחנה הצבאי "קדום" השוכן מערבית לשכם. בתקופה זו הקימו בני הישיבה את מושב "קשת" ברמת הגולן, בהכוונת הרצי"ה. הקמת ההתנחלויות ובנין הישובים היוו בשנים אלו מרכיב חשוב ביותר בהווי החיים של בני הישיבה.

מעורבות תלמידי הישיבה במאורעות "כלל ישראליים" התרחבה גם לפעילות מאסיבית למען עליית יהודי ברית המועצות דאז. דוגמא בולטת לפעילות זו היתה מעורבותם במאבק למען שחרור אסיר ציון נתן (אנטולי) שרנסקי.

בשנת ה'תש"ל (1970) הקים הרב צבי יהודה את "מכון הלכה ברורה ובירור הלכה" על מנת להשלים את המפעל של אביו. בראש המכון הוא העמיד את הרב יוחנן פריד והרב אריה שטרן. בשדה החינוך הקימו בני הישיבה מספר מוסדות חינוכיים בתקופה זו - המוסד הראשון הוקם בשנת ה'תשכ"ד (1964) - "ישיבת ירושלים לצעירים", שקמה ביוזמתו של הרב אברהם שפירא, שהיה אז מראשי צוות ההוראה בישיבה. המוסד השני - בית הספר התורני "נעם", שהוקם בראשית שנת הלימודים ה'תשל"ב (1972). מוסד נוסף שהוקם על-ידי אברכי הישיבה ובוגריה מתוך מגמה לחזק את החינוך התורני כבר בגיל הרך הוא "תלמוד תורה מורשה", שנוסד בשנת תשל"ז (1977). מוסד חינוכי נוסף הוקם מיד לאחר מלחמת יום הכיפורים בשעה שצעירים לא דתיים רבים חפשו את זהותם היהודית. ישיבת "מכון מאיר" לבעלי תשובה.במהלך השנים שלח הרב צבי יהודה את הרבנים חיים דרוקמן, אליעזר ולדמן, דב ליאור, זלמן ברוך מלמד, צפניה דרורי ואחרים להקים ישיבות נוספות ברחבי הארץ.

מדי שנה ביום ירושלים נערכה בישיבה עצרת מרכזית גדולה לציון יום ירושלים, בהשתתפות אישי ציבור וקהל רב. במשך שנים רבות היה ראש הממשלה מגיע לאירוע זה, אולם בשנים האחרונות פסק נוהג זה, בשל מדיניות ממשלתית המנוגדת לההלכה ביחס למסירת חלקים מארץ ישראל. לאחר סיום האירוע ישנה תהלוכה מסורתית של תלמידי הישיבה לאורך ירושלים עד הכותל המערבי.

בהסכם השלום בין ישראל ומצרים גילו המנהיגים חולשה והסכימו למסור את השליטה בחצי האי סיני לידי מצרים. ממשלת ישראל החליטה לגרש מבתיהם את כל תושבי חבל ימית, ולהרוס את בתיהם עד היסוד. בני הישיבה הביעו מחאה נמרצת ופעלו בדרכים שונות לביטול רוע הגזירה. הבשורות הקשות על גירוש התושבים החמירו את מצבו הבריאותי של הרב, שעבר ניתוח קשה זמן מה קודם לכן וביום י"ד באדר ה'תשמ"ב (1982) עלה ראש הישיבה הרב צבי יהודה קוק לגנזי מרומים.

הישיבה בימי הרב אברהם אלקנה כהנא שפירא

הרב הגאון אברהם אלקנה כהנא שפירא, שמונה עוד בחיי הרצי"ה לשמש כראש הישיבה, המשיך בראשות הישיבה יחד עם הגאון הרב שאול ישראלי. בשנת תשמ"ג (1983) נתמנה הרב אברהם שפירא לכהן כרב הראשי לישראל, יחד עם יבדל"א הגאון רבי מרדכי אליהו שליט"א. בשנים אלו לחם הרב בעוז להעמיד את תורת ישראל על תלה, בכל תחומי החיים במדינת ישראל. כאשר נתגלו סדקים בכונות על שמירת שלמות הארץ אצל מנהיגי המדינה, גילו שני ראשי הישיבה דעתם בתקיפות כי אין למסור שום חלק מארץ ישראל לידי נוכרים. לאחר מכן, בתקופת הסכמי אוסלו והסכם וואי פרסם הרב שפירא את דעתו, והכריע כי אסור לחייל לעבור על דברי תורה ועליו לסרב למלא פקודת גירוש של יהודים מביתם. בתקופה זו היו בני הישיבה פעילים מאד והביעו מחאות נמרצות בדרכים שונות. עיקר המאמצים בישיבה כוונו בתקופה זו לעולם העשייה החינוכית ופיתוח מנהיגות רוחנית והלכתית. בכל רחבי הארץ קמו ישיבות גבוהות, ישיבות הסדר, ישיבות תיכוניות ואולפנות לבנות. הכל בעידודם ובתמיכתם של ראשי הישיבה. בכל שבוע הועברו שני שיעורים כלליים לבני הישיבה מפי שני ראשיה. שיעור מיוחד היה מתקיים בבית הרב אברהם שפירא בכל מוצאי שבת. שיעור בספר קצות החושן. שיעור זה לא היה מוכן מראש, ולעתים היו מחליטים זמן מועט לפני השיעור סביב איזה סימן יעסוק השיעור. כאן זכו התלמידים לראות כיצד לומדים תורה. הרב היה מקשה ומתרץ שואל ומפרק בונה וסותר והתלמידים היו מטים אוזן ומביטים ברבם הגדול ולומדים לקח.

בחורף ה'תשנ"ה (1995) חלה הרב שאול ישראלי וב-י"ט בסיון של אותה שנה, בבוקרה של שבת "שלח-לך", נתבקש לישיבה של מעלה. אחר הסתלקותו המשיך עמיתו הרב אברהם שפירא בראשות הישיבה.

בשנת ה'תשנ"ו (1996), עקב המצב הביטחוני המעורער עלו חששות שהגישה לקבר רחל בסכנה. כדי להבטיח את המשך בעלותנו על הקבר הקימה הישיבה במתחם הקבר ישיבה הנקראת "נחמת רחל", בה לומדים צעירים מצויינים מתלמידי הישיבה המכשירים את עצמם להוראה וחינוך. ההסתופפות מידי יום ביומו בקבר רחל, בתפילה ובלימוד קבוע, הם הם הערובה האמיתית לכך שקבר רחל בידינו, והיא הדרך להגשמת הנבואה: "מנעי קולך מבכי ועיניך מדמעה ... ושבו בנים לגבולם".

 בתקופה בה זממו לגרש יהודים מביתם בגוש קטיף על-מנת למסור את הקרקע לנוכרים, עמד הרב שפירא בעוז כאריה על משמרתו, ולעומת כל המגמגמים והתוהים נלחם ללא חת על שלמות ארצנו הקדושה. באותה מידה עמד בתוקף לאחר הגירוש, על כך שצריך לומר הלל ביום העצמאות ולא לשנות דבר בתפילה לשלום המדינה "ראשית צמיחת גאולתנו", ושעצם קיומה של מדינה יהודית באץ ישראל היא עניין רוחני עצום, על ידה מתקיימת מצות ישוב ארץ ישראל.

בשנים האחרונות לחייו מינה את בנו ותלמידו המובהק הרב יעקב אלעזר כהנא שפירא, ששימש כיד ימינו לאורך השנים בהנהלת הישיבה וכאחד מצוות ההוראה בישיבה, להעביר שיעורים כלליים לצידו בישיבה.

בבוקר יום טוב ראשון של חג הסוכות, ט"ו בתשרי ה'תשס"ח (2007), לאחר מספר חדשים בהם הלך ונחלש בשל מחלה, עלה לישיבה של מעלה. הוא נטמן בהלוויה רבת משתתפים בהר הזיתים, סמוך לקברו של הרב אברהם יצחק הכהן קוק וסמוך לקבריהם של קודמו בראשות הישיבה - הרב צבי יהודה הכהן קוק, ושל קודמו ברבנות הראשית - הרב שלמה גורן.

הישיבה בימי מרן ראש הישיבה הרב יעקב שפירא שליט"א

ב-ל' באדר א' ה'תשס"ח (2008) נרצחו שמונה תלמידים בידי מרצח בן עוולה בעודם רכונים על ספרי תלמודם בספריית הישיבה: שלושה מהם תלמידי הישיבה וחמישה תלמידי ישיבת ירושלים לצעירים. יקום ה' נקמת דם עבדיו מיד גוי נבל וקרן עמו ירים לשם ולתהילה ולתפארת. הרצח המתועב עורר גלים של זעזוע ציבורי, והביא רבים - קרובים ורחוקים, לבקר בהיכל הישיבה ולספוג מאוירה.

ב-ז' בחשון תשס"ט (2008) נבחר ראש הישיבה הרב יעקב שפירא לשמש כחבר במועצת הרבנות הראשית לישראל.

השפעת משנת הראי"ה קוק ובנו היוותה ומהווה כח רוחני לפעולת בוגרי הישיבה המשמשים בתפקידי רבנות וחינוך במדינת ישראל. בוגרים אלו ממשיכים לשמור על קשר רצוף עם עולם הישיבה המרכזית.